Tady se zaměříme hlavně na správné uspořádání materiálů ve vnějších akvarijních filtrech, kde je dostatek prostoru pro různé typy filtračních náplní. U vnitřních či závěsných filtrů, kde je prostor omezený, je doporučeno využívat převážně biologická média a případně chemickou filtrační vrstvu, zatímco mechanickou filtrační vrstvu omezit.
Proces filtrace by měl začínat mechanickou vrstvou - osvědčily se různé filtrační molitany a bio-molitany, které efektivně zachytí hrubší nečistoty. Následovat by měla biologická filtrační vrstva, kterou ideálně tvoří materiály s vysokou porozitou, poskytující dostatečný prostor pro růst nitrifikačních bakterií.
Na konec filtračního procesu se doporučuje zařadit chemická filtrační vrstva, která zajišťuje dokonalou čistotu a průzračnost vody. V případě, že máte problémy s jemnými plovoucími nečistotami, je vhodné jako poslední vrstvu přidat ještě filtrační vatu, která díky své jemnosti efektivně zachytává i ty nejmenší částice a zabraňuje jejich opětovnému uvolnění do vody.